Материнскую плату для Fujitsu Siemens Amilo Xi2550 (37GP55000-C0 M/B P551MX) могу-ли заменить на материнскую плату от Fujitsu Siemens Amilo Pi2550 (37GP55000-C0 M/B P551MX)?

Скорее всего можно. Только вторая расчитана на один винчестер, без раид-контролера.

Первая, Amilo Xi2550, тоже расчитана (там реально стоит) два жестких диска. Может будет достаточно перебросить только флешку с BIOS?

Не надо ничего перебрасывать, должна и так заработать.

Это не простой, как кажется, вопрос. У Amilo Xi2550 матрица 17"(1920х1200), а у Amilo Pi2550 - 15.4"(1280х800). С чем-то похожей ситуацией мне пришлось столкнуться. Смотри:
viewtopic.php?f=232&t=97809

Меняешь то зачем мать? У меня рабочий бук лежит Xi2528, переодически не видел винтов. Менял раид контролер, мать. А итоге оказалась видеокарта давала такой дефект. Поменял видиочип, дефект ушел.