Видел в интернете серые, голубые и розовые терморезинки. Чем они отличаются друг от друга?

Теплопроводностью, как правило.
Зачастую, ещё и жёсткостью.
В крайнем случае, может даже материал оказаться разный.
Но "Видел в интернете" ни о чём конкретном не говорит. Чтобы сказать определённо, нужно знать производителя.
А когда производитель - "Китай", то может оказаться, что все они из одной бочки, а по цвету различаются только по тому, какая краска оказалась в тот момент на китайском заводе...

А если они все хорошие, то какие лучше использовать для системы охлаждения ноутбуков?

А если они все хорошие, то используйте лучшие из них!

http://notebook1.ru/forma1/viewtopic.php?f=70&t=21048&hilit=%D1%82%D0%B5%D1%80%D0%BC%D0%BE%D1%80%D0%B5%D0%B7%D0%B8%D0%BD%D0%BA%D0%B8
http://notebook1.ru/forma1/viewtopic.php?p=290257#p290257