Wistron PIH61F Topeka 10124-3 48.3EU02.031

Автостартит. Стопорится инит, писка нет. Биос шил, без изменений.

На мат плате есть перемычка ME_DIS. Если ее закоротить, моноблок дает изо и грузит ОС.

Учитывая что биос я прошил, остается замена хаба?

Если шили программатором, то МЕ это не касается. Надо шить из под ДОСа или Винды, только тогда в регистры прописываются новые значения, поскольку в состав прошивальщика входит утилита загрузки значений МЕ.
Если не поможет, то тогда уже менять хаб и прошивать биос из под ДОСа или Винды. Это, кстати, желательно делать всегда после замены хаба.

Что то первый раз такое слышу, всю жизнь вроде зашивался биос с "чистым" МЕ и все было хорошо.

зависит от того, что шить, то есть, имидж с чистым ME или нет.
Для етого и нужен имидж с чистым ME REGION, так как он конфигурит ME регистры при первом старте, тогда никакая винда или другая OS ненужна.

При всем при этом, я ни разу не видел, что бы изза грязного МЕ не было ИЗО.

а я и не таких приколов видел, может и вообще небыть инита, и т.д., нету разницы, зависит как всё "разведено".
или так: viewtopic.php?f=231&t=124715