И чем Вам поможет даташит на мульт при ремонте конкретного ноутбука?

Там 335 страниц в помощь разработчику!
Не выдумывайте себе сложностей - возьмите схему аппарата на таком же мульте с похожей платформой, и разбирайтесь!
Не знаю, на каком наборе сделан Ваш Lenovo X100E - но, например, Lenovo IdeaPad S10 QUANTA FL2 сделан на том же ЕС, схема есть в свободном доступе в инете.
Ваша схема:
http://vlab.pp.ru/search.php?keywords=fl3&t=1393&sf=msgonly&sid=9c2328b7504e070a1cfb95f314a359a4То, что содержимое флэши изменилось после старта, ещё не говорит о неисправности биоса или флэшки. Например, на интелловой платформе какие-то настройки могут заноситься хабом непосредственно в хабовую флэшь. Вывод о неисправности такого рода можно сделать, если при повторной записи на программаторе ноутбук стартует нормально до следующей перезагрузки. При этом не исключаем вероятность, например, какого-либо отвала - пока перешивали, что-то пошевелили, после старта нагрелось и опять отвалилось...
Ну, и посткарту никто не отменял, если у Вас есть обмен с флэшью. Посмотрите активность на ЛПЦ и цепляйте постку.